STUDENT DIGI AWARD

Tim Digicyte: Marvin skenira tkivo pa ga obradi algoritam

I u patologiji želimo imati ono što u hematologiji postoji već 50 godina. S Marvinom, laboratoriji će biti brži, precizniji i jeftiniji, tvrdi Krunoslav Vinicki

Dora Machaček i Krunoslav Vinicki čine tim Digicyte koji je razvio skener uzoraka tkiva.

 Tomislav Kristo/Cropix

Tim Digicyte čine Dora Machaček (24) iz Požege i Krunoslav Vinicki (27) iz Kutine, a na ovogodišnji Digi Award prijavili su se s Marvinom - skenerom preparata tkiva s ugrađenim AI aplikacijama (aplikacijama umjetne inteligencije). Marvin preparate skenira u visokoj rezoluciji od 250 nanometara te ih slaže u slike. Već se ovdje radi o napretku, no prava inovacija je sljedeći korak.

Umjesto da patolog ručno broji mitoze, odnosno dijeljenje stanica koje je rizični faktor za neke tumore, to će činiti Marvinov softver i pametni algoritam. Oni su još u izradi, dok je sam skener gotov. Uz to, Marvin će biti deset puta jeftiniji od konkurencije. Iako su studenti Veterinarskog fakulteta u Zagrebu, Marvin će biti moguće primijeniti i u humanoj medicini.

image

Dora Machaček

Tomislav Kristo/Cropix

Krunoslav je na ideju došao još 2018. godine ponukan lošim stanjem u patologiji i slabom upotrebom tehnologije u medicini.

- U medicini nema široke upotrebe digitalnih slika. To je problem jer bez digitalnih slika nema računalne obrade slike, nego patolog ručno gleda stakalca i preparate. Dnevno može obraditi dvadesetak uzoraka. Uz pomoć računala mogao bi napraviti puno više.

Jedino područje gdje sada postoji takva automatizacija je hematološki laboratorij, gdje se analizira krv. Mi želimo u patologiji, odnosno analizi tkiva, imati ono što u hematologiji postoji već 50 godina. S Marvinom govorimo o produktivnosti hematološkog laboratorija. Bit će brži, precizniji i jeftiniji od trenutnih metoda, opisuje Krunoslav.

image

Slika sa skenera tkiva.

Tomislav Kristo/Cropix

- Tužno je da citolozi i patolozi troše vrijeme na brojanje. Uz to, procjena liječnika je uvijek subjektivna, što kod Marvina nije slučaj, nadovezala se Dora. Ona se projektu priključila godinu dana kasnije, nakon što je za njega saznala na fakultetu. Trenutno im pomaže još jedan kolega, no jezgra Digicyte tima su njih dvoje. Velika podrška od početka im je Zavod za patologiju.

Optika i mehanika

Krunoslavu je fokus na programiranju, kako kaže, ne zbog želje, nego iz nužde. Kada je krenuo, nije u planu bio nikakav skener, nego automatizirani mikroskop uz pomoć kojeg čovjek ne mora sam slikati. S tim proizvodom bio je nezadovoljan. Nakon toga i Dorinog uključenja razvila se ideja o skeneru. Krenuli su od nule s optikom i mehanikom.

- Idemo napraviti skener, koliko teško može biti?, pomislio je. Nakon neuspjele prve verzije shvatio je da nema koga pitati za savjet pa je istraživao sam. U drugoj verziji Digicyteovci dobili su sliku, ali nije valjala mehanika. Sada, četiri godine nakon začetka, zadovoljni su s petom verzijom Marvina. Skeneru su ime nadjenuli prema liku iz knjige Vodič kroz galaksiju za autostopere.

Dora radi na obradi slikovnih podataka i razvoju AI aplikacija.

- Uzorak tkiva prvo skeniramo. Zatim ga odbojamo i obojamo imunohistokemijom, što znači vezanje specifičnih protutijela na određene stanice. U našem slučaju to su mitoze. Dobivamo podatak gdje se točno nalaze, bez subjektivnosti. Proces označavanja smo tako ubrzali i podaci mogu ići dalje, objasnila je.

image

Detalji skenera

Tomislav Kristo/Cropix

Uočili su problem i na tržištu skenera.

- Ono što mi radimo je hardverski jednostavan skener koji je softverski i iznad razine ostalih. Krajnji rezultat je puno manja cijena, kaže Krunoslav. Baš kao i sam stroj, algoritamski razvoj bio je izazovan, a onaj koji trenutno koriste šesta je verzija. Dijelovi za njega koštali su oko tri tisuće eura. Digicyteovci razvoj Marvina financiraju suradnjom s farmaceutskom tvrtkom Biognost te pružanjem konzultacijskih usluga.

Financijski razlog

Uskoro, kada bude gotov proizvod, Marvin će koštati oko 10 tisuća eura, što je više od deset puta manje od konkurencije. Od prodaje uređaja imali bi velike prihode, no daljnjim razvojem AI aplikacija uzimali bi proviziju od dijagnostike koju je Marvin pomogao napraviti.

- Nama su se odmah javili zainteresirane klinike jer svi žele analizirati tkiva. No, oni nemaju financijski razlog da ga kupe dok god nemaju aplikaciju.

Na tome i softveru sada radimo. Skener radi, ali poanta je da se brzo skenira nekoliko tisuća preparata, da je sve točno i da je automatsko bez inputa korisnika. To je izazov, kaže Krunoslav.

image

Krunoslav Vinicki

Tomislav Kristo/Cropix

Iako su počeli u veterini, Marvin će se moći primijeniti široko u medicini i farmaciji, u digitalnoj patologiji, na edukacijama, fakultetima, institutima, u klinikama za otkrivanje mitoza, tumorskih stanica, kod ekspresije nekih hormona i dijagnostici bilo kojih tumora. Ciljano tržište je Europa.

Oboje se po završetku fakulteta planiraju nastaviti baviti Marvinom.

U planu im je provoditi radionice s učenicima srednjih i osnovnih škola. Ideja je napraviti spoj medicine i tehnologije. Učenici bi na radionicama imali priliku sami sastavljati mikroskop, programirati, raditi skener, skenirati i raditi aplikaciju, odnosno proći put koji su prošli i Digicyteovci.

Želite li dopuniti temu ili prijaviti pogrešku u tekstu?
Linker
19. srpanj 2022 10:00